<dl>
<?php $txtid = CFS()->get('カスタムフィールド名'); ?>

<?php if(empty($txtid)):?>
<!--カスタムフィールドの値が無い場合（空欄）に表示されます(空でOK)。-->          
<?php else:?>
<!--値がある場合表示される内容を記述。-->
<dt>項目</dt><dd><?php echo CFS()->get('カスタムフィールド名'); ?></dd>
<?php endif;?>
</dl>

上記ではループ内ではうまく動かないようなので、ループ内で使用する場合はこちらを使ってみてください。

<?php
$check = $field['カスタムフィールド名'];
if($check) :?>
<?php echo $field['カスタムフィールド名']; ?>
<?php else:?>

<?php endif;?>